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合理的設計

バイオ触媒は、構造変化が触媒挙動に与える影響を物理モデルを通じて予測する合理的設計に基づいて開発できます。これは通常、指向進化と対比されます。合理的設計を達成するためには、天然酵素の研究に基づいて構造と機能の関係を理解する必要があります。天然のバイオ触媒は、補因子や自然に存在するアミノ酸の種類が限られているため、比較的狭い機能性を持っています。したがって、自然を超えた人工酵素を設計するために多くの合理的設計の努力がなされています。例えば、金属置換、金属補因子の置換、天然またはde novoタンパク質スキャフォールドへの非天然アミノ酸(UAA)の組み込みなど、金属酵素に対する多くのアプローチが開発されており、計算設計の助けを借りています。

合理的設計の大部分は、単純な天然酵素の活性中心を模倣することに焦点を当てていますが、最近のこのアプローチのトレンドは、先進的な技術と知識のおかげで、より信頼性が高く強力になっています。これにより、潜在的な応用を持つ高度な人工バイオ触媒が提供されています:

  1. 高効率と選択性を達成するために、構造モデルから機能モデルへの切り替え;
  2. H結合相互作用などの非共有結合の二次球相互作用が考慮される;
  3. UAAなどの非天然成分が利用されている;
  4. 膜システム、光触媒システム、複数酵素システムなどの複雑なシステムが設計されている;
  5. 戦略は、天然酵素のメカニズムの理解が深まるにつれて、潜在的な応用により焦点を当てている。

Creative Enzymesは、先進的な計算戦略に基づいて、さまざまなカスタム実用アプリケーションのための新しいバイオ触媒と人工バイオシステムを提供します。化学生物学とバイオ分子工学の専門的な経験を持つ私たちは、プロフェッショナルなワンストップサービスを提供します:

  • 構造-機能関係の研究。
  • 単核活性部位の最適化。
  • 複数の活性部位のための系統的設計。
  • 検証のための触媒アッセイ。

Reference:

  1. Lin, Y.-W. (2017) Rational design of metalloenzymes: From single to multiple active sites. Coordination Chemistry Reviews. 336: 1-27.

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Examples of methods for in vivo targeted mutagenesisFigure 1 An example workflow of artificial metalloenzymes design
(Coordination Chemistry Reviews 2017)

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