NKF1ファミリーは、ヒトゲノムファイルで「新しいキナーゼファミリー1」として最初に定義されました。このファミリーはほとんどの動物に見られますが、良好な特性を持つメンバーはいません。

進化

NKF1はほとんどの動物と鞭毛虫に見られます。人間には3つのメンバーが見つかりました：SBK、SgK069、SgK110

機能

SBK（SH3結合ドメインキナーゼ）は、Fas SH3ドメインの相互作用パートナーの1つであることがわかり、ラット脳では豊富な転写物です。最近、卵巣癌細胞株の生存因子であることが示され、癌では異常に発現しています。CosmicはSBK1に2種類の癌変異を報告しており、SBK2（SgK069/SgK110）には変異がありません。Xenopusのホモログ（Pk9.7、SBK1としても知られていますが、真のオルソログではない可能性があります）は、胚盤胞および消化管の発生中にのみ発現し、微小管の制御に関与していることが報告されています。2つのショウジョウバエのホモログのうち、CG11221は未特定であり、CG4595は一部のハイスループットデータを持っています。これは脳で選択的に発現しています。線虫の遺伝子C01C4.3も特徴的ではありません。

SH3ドメイン

SRCホモロジー3ドメイン（またはSH3ドメイン）は、約60アミノ酸残基からなる小さなタンパク質ドメインです。元々、SH3はウイルスアダプタタンパク質v-Crkの保存された配列として記述されました。このドメインは、ホスホリパーゼやAbl、Srcなどのいくつかの細胞質チロシンキナーゼの分子にも存在します。また、PI3キナーゼ、Ras GTPase活性化タンパク質、CDC24、cdc25などの他のいくつかのタンパク質ファミリーにも見られます。SH3ドメインは、細胞骨格を調節するシグナル伝達経路タンパク質に存在します。

図1. SH3ドメインのリボンダイアグラム。

SHドメインの構造

SH3ドメインは、5または6のβストランドからなる特徴的なβ-バレルフォールドを持ち、2つの密に詰まった逆平行βフォールドに配置されています。リンカー領域には短いヘリックスが含まれている可能性があります。SH3型フォールドは、真核生物と原核生物に見られる古代のフォールドです。

ペプチド結合

古典的なSH3ドメインは、通常、他のタンパク質と相互作用し、特定のタンパク質複合体の組み立てを仲介するタンパク質に見られ、通常はそれぞれの結合パートナーのプロリン結合ペプチドの結合によって行われます。人間では、古典的なSH3ドメインは細胞内タンパク質に限られていますが、小さなヒトMIA細胞外タンパク質ファミリーにもSH3様フォールドを持つドメインが含まれています。

多くのSH3結合エピトープのタンパク質はコンセンサス配列を持ち、正規表現または短い線形モチーフとして表現できます：

図2. SH3結合エピトープのコンセンサス配列。

ここで、1と4は脂肪族アミノ酸、2と5は常に3であり、時にはプロリンです。この配列はSH3ドメインの疎水性ポケットに結合します。最近、コアコンセンサスモチーフR-x-x-Kに結合するSH3ドメインが記述されました。例として、Grb2やMona（別名Gads、Grap2、Grf40、GrpLなど）のアダプタタンパク質のC末端SH3ドメインがあります。他のSH3結合モチーフはさまざまな分子研究の中で出現し続けており、このドメインの多様性を強調しています。

参考文献

1. Koch CA; et al. SH2 and SH3 domains: elements that control interactions of cytoplasmic signaling proteins. Science. 1991, 252 (5006): 668-74.