NKF1ファミリーは、もともとヒトゲノムファイルで「new kinase family 1（新規キナーゼファミリー1）」として定義されました。このファミリーはほとんどの動物で見られますが、いずれのメンバーも顕著な特徴を持っていません。

進化

NKF1はほとんどの動物および鞭毛虫で見られます。ヒトでは3つのメンバー（SBK、SgK069、SgK110）が発見されています。

機能

SBK（SH3結合ドメインキナーゼ）は、Fas SH3ドメインの相互作用パートナーの一つであり、ラット脳で豊富に転写されていることが発見されました。最近では、卵巣がん細胞株の生存因子であり、がんで異常発現していることが示されています。Cosmicは、大規模リシーケンシングによりSBK1で2種類のがん変異を、SBK2（SgK069/SgK110）では変異がないことを報告しています。アフリカツメガエルのホモログ（Pk9.7、SBK1とも呼ばれますが、おそらく真のオルソログではありません）は、胚盤胞および消化管発生時のみ発現し、微小管制御に関与することが報告されています。ショウジョウバエの2つのホモログのうち、CG11221は特徴が明らかになっていませんが、CG4595は一部のハイスループットデータがあります。これは脳で選択的に発現しています。線虫遺伝子C01C4.3も特徴的ではありません。

SH3ドメイン

SRCホモロジー3ドメイン（SH3ドメイン）は、約60アミノ酸残基からなる小さなタンパク質ドメインです。もともとSH3は、ウイルスアダプタタンパク質v-Crkにおける保存配列として記載されました。このドメインは、ホスホリパーゼやAbl、Srcなどのいくつかの細胞質チロシンキナーゼ分子にも存在します。また、PI3キナーゼ、Ras GTPase活性化タンパク質、CDC24、cdc25など、他のいくつかのタンパク質ファミリーにも見られます。SH3ドメインは、細胞骨格を制御するシグナル伝達経路タンパク質に存在します。

図1. SH3ドメインのリボン図。

SHドメインの構造

SH3ドメインは特徴的なβバレルフォールドを持ち、5本または6本のβストランドが2つの密接に詰まった逆平行βフォールドとして配置されています。リンカー領域には短いヘリックスが含まれる場合があります。SH3型フォールドは、真核生物および原核生物に見られる古いフォールドです。

ペプチド結合

古典的なSH3ドメインは、通常、他のタンパク質と相互作用し、特定のタンパク質複合体の組み立てを媒介するタンパク質に見られます。これは通常、それぞれの結合パートナーにおけるプロリン結合ペプチドの結合によって行われます。ヒトでは、古典的なSH3ドメインは細胞内タンパク質に限定されていますが、小型のヒトMIA細胞外タンパク質ファミリーにもSH3様フォールドを持つドメインが含まれています。

多くのSH3結合エピトープはコンセンサス配列を持ち、正規表現や短い線形モチーフとして表現できます：

図2. SH3結合エピトープのコンセンサス配列。

ここで1と4は脂肪族アミノ酸、2と5は常に3であり、時にはプロリンです。この配列はSH3ドメインの疎水性ポケットに結合します。最近、コアコンセンサスモチーフR-x-x-Kに結合するSH3ドメインが記載されました。例としては、Grb2やMona（Gads、Grap2、Grf40、GrpLなどとも呼ばれる）などのアダプタタンパク質のC末端SH3ドメインがあります。他のSH3結合モチーフも分子研究の過程で発見されており、このドメインの多様性を際立たせています。

参考文献

1. Koch CA; 他．SH2およびSH3ドメイン：細胞質シグナル伝達タンパク質の相互作用を制御する要素。 Science. 1991年、252巻（5006号）：668-74。